通過產(chǎn)生大量細(xì)胞和細(xì)胞外物質(zhì)或生物膜，可以保護(hù)微生物免受消毒劑的影響。
生物膜是微生物群落，緊密附著在表面上，不易被去除。一旦這些質(zhì)量形成，其中的微生物可通過多種機制抵抗消毒劑，包括較老的生物膜的物理特征，細(xì)菌的基因型變異，中和酶的微生物產(chǎn)生和生物膜內(nèi)的生理梯度（例如，pH）。
與懸浮液中的相同細(xì)菌相比，生物膜內(nèi)的細(xì)菌對抗微生物劑的抗性高達(dá)1,000倍。盡管正在研究用于去除生物膜的新的去污方法，但氯和一氯胺可以有效地滅活生物膜細(xì)菌。在漩渦中發(fā)現(xiàn)了生物膜，牙科設(shè)備水線和許多醫(yī)療設(shè)備（例如，隱形眼鏡，起搏器，血液透析系統(tǒng)，導(dǎo)尿管，中心靜脈導(dǎo)管，內(nèi)窺鏡）。它們的存在可能對免疫受損的患者和具有留置醫(yī)療器械的患者產(chǎn)生嚴(yán)重影響。一些酶和洗滌劑可降解生物膜或減少生物膜內(nèi)活細(xì)菌的數(shù)量，但沒有產(chǎn)品經(jīng)EPA注冊或FDA批準(zhǔn)用于此目的。